Problème allumage

Bonjour,
Je réveille mon Vmax après 6 ans d’inactivité. 
Je l’ai confié à quelqu’un qui retape les motos vintages. J’avais un problème d’embrayage, résolu. Il a changé ma batterie et revu toute la carburation. Nettoyage et remplacement des membranes et gicleurs. 
Je la récupère, elle tourne sur 3 pattes et manque de puissance, dépasse pas le 100km/h. 
Je cherche de mon côté et constate que ma Vmax tourne que sur les cylindres avants. Je regarde les bobines arrières et il me semble que les fils d’alimentation des bobines ont été inversés. Ce qui est possible après un remplacement de batterie.  Je mets donc les fils dans ce qui me paraît le bon sens, je démarre et il me semble qu’elle tourne mieux, plus franche à prendre les tours. Je dis il me semble car j’ai coupé le contact rapidement, de la fumée sortait des cylindres arrières et des échappements. 
Ayant roulé plusieurs dizaines de km sans les cylindres arrières, peut-être que la fumée provient de la combustion de résidu lorsque j’ai rétabli l’allumage des cylindres arrières. Qu’en pensez-vous ?
Je prends avec plaisir tous vos avis et conseils. 
Merci.